بسیج دانشجویی طی پیامی از سوی حضرت امام (ره) به مناسبت دهمین سالگرد تشکیل بسیج مستضعفین در تاریخ 2/9/1367 تأسیس گردید . ایشان وظایف عمده بسیج دانشجویی را دفاع از اسلام و انقلاب اسلامی و ارائه چهارچوب های اسلام ناب محمدی (ص)بیان داشتند که در واقع با این پیام می توان به فلسفه وجودی و هدف بسیج دانشجویی پی برد . حضرت امام (ره) در این پیام ضمن درخواست دفاع از انقلاب و اسلام در مراکز دانشگاهی و حوزوی، خواستار پاسداری از اصول تغییرناپذیر « نه شرقی و نه غربی » شدند و ضمن دعوت به اتحاد و یگانگی حوزه و دانشگاه چشم انداز ایجاد حکومت بزرگ اسلامی و فتح جهان توسط اسلام را فراروی مشتاقان و رهروان اسلام ناب محمدی(ص) قرار دادند.
به دنبال این پیام ، استفساری از سوی جانشین وقت فرماندهی کل قوا از دفتر حضرت امام خمینی(ره)به عمل آمده که حضرت امام(ره) معین نمایند که متولی اداره بسیج دانشجو و طلبه چه ارگانی باشد؟ و مرحوم حجت الاسلام سیداحمد خمینی در مورخه67.10.12 نظر بنیانگذار انقلاب اسلامی را به شرح ذیل پی نوشت نمودند: «حضرت امام(ره) فرمودند: تشکیل بسیج دانشجو و طلبه به عهده بسیج مستضعفین سپاه پاسداران است.» [سیداحمد خمینی67.10.12]
در آذرماه 1368 از محضر مقام معظم رهبری پیرامون بسیج دانشجویی استعلام گردید و معظم له فرمودند: «با بسیج دانشجویی موافقم و آن را لازم و ضروری می دانم.» و با رهنمودهای خویش بر محوریت دانشجویان به عنوان متولیان امر بسیج دانشجویی تأکید نمودند.
پس از آن شورای عالی انقلاب فرهنگی اصول کلی طرح نحوه تأسیس بسیج دانشجویی را تصویب نمود. لذا پس از تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی از سیزدهم دیماه 1369 مرکز بسیج دانشجویی تهران تأسیس شد و مسئولیت تشکیل دفاتر بسیج را در دانشگاهها عهده دار گردید. با شکل گیری قانونی بسیج دانشجویی در دانشگاهها براساس توان بالای متکی بر ایمان دانشجویان بسیجی، بسیج دانشجویی به سرعت در این محیط مقدس تشکیل و گسترش یافت. و بدین سان فرزندان خمینی کبیر(ره) که افتخار بسیجی بودن آن پیرسفر کرده را برای خود موهبتی بزرگ می شمردند، آغازگر حرکت بنیادینی شدند که رسالت آن از سوی بنیانگذار جمهوری اسلامی و نوید دهنده فتح سنگرهای کلیدی جهان اسلام توسط اسلام ناب محمدی(ص) به عهده ایشان نهاده شده بود. راهی که رهبر فرزانه انقلاب اسلامی حضرت آیت الله خامنه ای (مدظله العالی) نیز بر تداوم آن تأکید نموده و مهر تأیید زدند از این رو به منظور تحقق آرمانها و ارزشهای انقلاب اسلامی و ضرورت تسریع در حرکت اسلامی کردن دانشگاهها و مراکز آموزش عالی و نیز اشاعه تفکر بسیجی به ویژه از سال 1374 به بعد موافقت نامه هایی بین نیروی مقاومت بسیج با وزارت فرهنگ و آموزش عالی در مورخه 75.7.13، دانشگاه آزاد اسلامی در مورخه 76.1.25 و وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی در تاریخ 76.4.17 به امضا رسید که طرفین در آن نسبت به تقویت و گسترش فعالیتهای بسیج دانشجویی در دانشگاهها و مراکز آموزش عالی تصریح کرده و جهت تحقق آن اعلام آمادگی نمودند. پس از طی دوره اولیه ایجادی و رشد سخت افزاری در بسیج دانشجویی، همت دانشجویان بسیجی علاوه بر توسعه کمی معطوف به افزایش هرچه بیشتر کیفیت و تحول نرم افزاری گردید. در سال 1376 جمعی از دانشجویان بسیجی دانشگاه تهران توفیق دیدار با مقام معظم رهبری را کسب نموده و ضمن بیان بینش ها، نگرش ها و روشهای خود دغدغه های خویش را معروض داشتند. رهبر معظم انقلاب در این دیدار صمیمی و معنوی فرمایشات بسیار مهمی را بیان فرمودند که سرآغاز تحولی بنیادین در بسیج دانشجویی به ویژه در عرصه های فرهنگی و سیاسی گردید.
لذا بسیج دانشجویی روز به روز بر کمیت و کیفیتش افزوده می گردید و اقبال عمومی دانشجویان و اخلاص و منطق عمل آنها، راه را برای خدمتگزاری بیشتر می گشود. در سال 1377 به منظور نهادینه شدن تشکیل، تقویت و توسعه بسیج دانشجویی طرحی از سوی نمایندگان مجلس شورای اسلامی مطرح گردید که پس از بحث و بررسی و انجام کارشناسی لازم، در جلسه علنی روز یکشنبه مورخ 77.9.22 مجلس شورای اسلامی با اکثریت مطلق آرا و بدون هیچ مخالفی تصویب شد و سپس به تأیید شورای نگهبان رسید.این مصوبه در مورخ77.9.28 طی نامه شماره .2773ق توسط رئیس مجلس شورای اسلامی به اطلاع رئیس جمهوری اسلامی ایران رسیده است و رئیس جمهوری اسلامی نیز طی نامه شماره62814 به تاریخ 77.10.6 آن را به وزارتخانه های ذیربط ابلاغ فرمودند.
سال1379 یکی دیگر از سرفصل های تحولی بسیج دانشجویی آغاز شد، در این سال شرکت کنندگان در نهمین نشست سالانه بسیج دانشجویی سراسر کشور توفیق دیدار با مقام معظم رهبری را یافته و ضمن بیان دیدگاههای خویش، به استماع سخنان گهربار ایشان شامل رهنمودها و تأیید رویکردهای اعلام شده بسیج دانشجویی نایل آمدند.
از اواخر همان سال فعالیتهای جدی مبتنی بر رویکرد آینده نگر و استراتژیک آغاز شد که بحمدالله منجر به تغییرات بینشی، نگرشی، روشی و ساختاری در این تشکل گردید.
جلوه های این تحول وجود بالغ بر دو هزار و پانصد دفتر بسیج دانشجویی در دانشگاهها و مراکز آموزش عالی کشور بوده که به فضل الهی با گذشت زمان برانسجام، اثربخشی و پویایی آن در راستای نقش آفرینی شایسته در عرصه های دانشگاه، اجتماع و فرای مرزهای جغرافیایی در ابعاد اعتقادی، فرهنگی، علمی، سیاسی، ورزشی، صنفی و آمادگیهای دفاعی می باشد. (برگرفته از روزنامه کیهان)
مقام معظم رهبری برخی ویژگی های بسیج دانشجویی را چنین بیان می فرمایند:
«بسیج دانشجویی در عین آنکه یک تشکل نظم یافته و برخوردار از سازماندهی است نه در جناحهای سیاسی هضم و حل می شود و نه خود را رقیب سازمانهای دانشجویی متعارف می شناسد .هر دانشجویی با هر سلیقه سیاسی اگر پایبند به ارزشهای انقلاب و آماده حضور در عرصه مبارزه فرهنگی و سیاسی با استکبار و ایادی آشکار و نقابدار آن است، می تواند در خیل بسیجیان دانشگاه و عضوی از بسیج دانشجویی باشد